このエラーは bookendproducer.jar と同じフォルダ内に target_file.txt が存在しない場合に発生します。

target_file.txtは、暗号化するファイル、しないファイルを決めるために使用しています。
ePUBの仕様では mimetype ファイル、META-INF/ ディレクトリ以下は暗号化してはならないことになっている為、初期値ではその仕様に合わせてあります。

target_file.txt がお手元にない場合には、ユーザコンソールより bookend Java版 プロデューサを再ダウンロードして下さい。
zipファイルに含まれています。